As atividades do Instituto Aernus, nos domínios da Defesa, da Segurança e da Proteção Civil, são dirigidas, essencialmente, para os países em desenvolvimento, com prioridade para os pertencentes à Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP).
Estas atividades são desenvolvidas através de projetos próprios, mas sempre que se justifique, ou sempre que para isso seja solicitado ou contactado, o Instituto desenvolve e participa em parcerias, cooperações, protocolos e projetos, com entidades governamentais ou da sociedade civil, nacionais e estrangeiras.
Promover o estudo, a investigação, o debate e a divulgação das questões relativas à Segurança e Defesa e implicações para Portugal e para os países onde o Instituto Aernus desenvolve as suas atividades. Promover, incentivar e patrocinar a produção e publicação de obras literárias, relativas ao tema da Segurança e da Defesa, Politica Externa e Cooperação.
Promover ações de sensibilização e informação da opinião pública e da sociedade, para os assuntos da Segurança e da Defesa e da Cooperação Internacional. Organizar seminários, mesas redondas, encontros, debates e conferências sobre questões relativas à Segurança e à Defesa. Servir de fórum e ponto de encontro entre entidades e personalidades exteriores ao Instituto Aernus, que se dediquem ao estudo destes temas, designadamente instituições universitárias.
Efetuar auditorias e prestar serviço de consultoria, de formação e de gestão e implementação de programas de apoio, às entidades e instituições, nacionais, estrangeiras ou internacionais, que solicitem esse tipo de serviços.
Promover e estudar as questões relativas ao desenvolvimento da base tecnológica e industrial nacional do setor da Segurança e da Defesa. Dar enfase à participação e inclusão de empresas portuguesas da área armamentária e de equipamentos de Defesa, nos projetos próprios ou de terceiros.
Promover e incentivar a ligação das políticas e as estratégias de Segurança e Defesa Europeia, com países de outras regiões, com as indústrias, os institutos e centros tecnológicos nacionais, incluindo o apoio às atividades das associações empresariais do setor da Segurança e da Defesa.
Promover ou integrar parcerias, cooperações, protocolos com outras instituições ou entidades estatais, nacionais, estrangeiras e internacionais, em projetos de investigação sobre matérias da sua área de interesse, financiados pela União Europeia ou por outras instituições, assim como fomentar e participar em redes de interesse relacionadas com os seus fins estatutários. Manter contactos e trocar informações, experiências e ideias com outras entidades congéneres, nacionais, estrangeiras e internacionais. Solicitar a realização de estudos e trabalhos a entidades externas ao Instituto Aernus, de acordo com o Plano Anual de Atividades e as disponibilidades financeiras.
Apresentar estudos, trabalhos e informações que resultem da sua atividade, à consideração das entidades decisoras em matéria de Defesa Nacional, de Segurança Interna e de Política Externa.